海洋國家公園管理處近期完成108年度，澎湖南方四島國家公園珊瑚礁總體檢調查，根據資料顯示，東沙環礁國家公園珊瑚平均覆蓋率為59%，澎湖南方四島國家公園為64.8%，均高於象徵健康珊瑚礁標準的50%。
澎湖南方四島，海管處指出由於海域內的海底地形與潮汐、海流間交互影響，形成湧升現象，珊瑚生長良好，目前常見的氣候異常、海水暖化對園區內影響較小，各島珊瑚平均覆蓋率良好。
不過根據近幾年的調查，海管處坦言因為氣候變遷的關係，海水溫度偶有異常增溫現象，因此一些較敏感的珊瑚常會突然白化死亡，讓藻類趁機大量入侵棲地，更增加珊瑚生長的困境。
此外，雖然這東沙環礁及澎湖南方四島兩個國家公園的珊瑚覆蓋率高於標準，但海域的指標性生物數量仍偏低，代表環境仍承受一定壓力。因此也持續透過各方合作，進行海洋復育及保育工作。