本縣為鼓勵民眾攜帶家中犬貓前來防治所施打狂犬病疫苗(每隻收費100元)，凡於活動期間(9/27~9/28)於防治所施打狂犬病疫苗者免費施予除寄生蟲皮膚滴劑乙劑(犬貓皆有)，滴劑送完為止。
狂犬病疫苗施打對象為出生滿三個月以上之犬貓，之後每年要定期攜帶犬貓至本縣各動物醫院、本縣家畜疾病防治所施打狂犬病疫苗。每劑疫苗收費100元，完成注射後核發當年度的「動物狂犬病預防注射證明書」及「狂犬病預防注射頸牌」。
依據「動物傳染病防治條例」及「澎湖縣畜犬管理辦法」規定，飼主應自寵物出生滿3個月起，為寵物實施狂犬病預防注射，以後每年施打一次，違反本辦法可依「動物傳染病防治條例」第45條第3款規定處新台幣3萬元以上15萬元以下罰鍰。
另外，該所每月寄發狂犬病逾期通知，提醒超過一年尚未攜帶寵物補強注射狂犬病疫苗的民眾，在期限內施打疫苗，請接獲通知的飼主，務必帶寵物至動物醫院或澎湖縣家畜疾病防治所施打疫苗，未依規定辦理者，將依法處罰。