陳毓仁強調，縣長是行政機關首長，無論是依民主政治精神，或者依地方制度法，議會都不是澎湖縣政府的下屬機關，議員也不是縣長的橡皮圖章或下屬。
議會以何種形式監督、審查、退回、或者通過或不通過縣府提送的案件，是屬議會的法定職權，也是民主政治運作中，人民透過議會監督政府的重要環節，縣長不能以任何形式干預議會的運作。
昨6日上午，縣長在答詢議員蔡清續質詢時，就本議會召開程序委員會如何退回縣府提送的案件，說三道四，指手畫腳，指責議會程序委員會的運作及決議，這是公然干預議會職權，嚴重逾越了行政權與立法權的分際，大開民主倒車。
議會議員如何審查縣府提送的議案，是議員及議會的職權，不容縣長干預。議員決定退回縣府的提案，決定不審查縣府的提案，決定不通過縣府的提案，或者以什麼形式處理縣府的提案，都是議會依法定職權運作，只有議員具有資格質疑或議論，但絕對不容縣長指手畫腳干預。
陳毓仁說，縣長議會議論及批評議會程序委員會的言行，屬貌視議會行為，他要以議長的身分，代表議會全體議員，公開聲明譴責及糾正，期望縣長今後謹守本分，尊重議會。