另針對內灣海域訂定「本縣內灣海域禁漁區有關限制事宜」，規定凡使用網具類(如焚寄網、扒網、棒受網、刺網)、籠具類、燈火類漁法(具)及潛水從事漁撈採捕行為之船筏(含自用遊樂船筏)，全年禁止於內灣海域作業，10噸以下從事單層刺網漁船筏則得於每年3月1日起至6月30日及9月1日起至12月31日進入內灣海域作業，其餘時間(1、2、7、8月)亦不得作業。
農漁局表示，漁民生計與漁業資源皆是縣府守護之目標，水產資源雖具有再生性，但非「取之不盡，用之不竭」，海洋生物皆須有休養與繁衍期，方能使物種生生不息，籲請漁民朋友配合相關規定，若對法規內容有疑問歡迎撥打農漁局：06-9262620轉121，共同為維護漁業資源保育及永續利用戮力。