澎湖縣政府稅務局表示，農業用地作農業使用證明書明訂有效期間6個月，主要是希望促使地主在6個月內完成農地移轉登記應辦的程序，並不是指農地農用證明的證據能力持續6個月。本案民眾將農地的持分移轉1/2給兒子後，土地的所有權人已與去年10月份開立農地農用證明時的狀況明顯不同，且財政部在民國90年間已經明確規定農地農用證明雖然還在有效期間內，但是民眾移轉部分持分後，因時點及權利主體不同，若需再度辦理移轉登記及賦稅減免手續時，應另行申請農地農用證明，才能適用不課徵土地增值稅之規定。所以農地移轉部分持分後，原來的農地農用證明不能沿用，必須重新申請才行。
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