各地方政府於發展觀光之際，無不積極推動招商投資，以帶動地方經濟繁榮，各縣市均訂有獎勵投資自治條例，縣府為吸引具規模之觀光產業來澎投資，於民國92年推動本縣首宗開發案-馬公第三漁港商業區馬公段2666-7地號土地獎勵民間投資開發經營，因該案位於本縣馬公第三漁港商業區，雖然促進民間參公共建設法於89年公告施行，然本招商案並不適用促參法，縣府乃參照促參法之精神於93年特別訂定「澎湖縣縣有非公用土地暨漁港水域獎勵民間投資優惠自治條例」，經本縣議會審議通過發布後辦理公告招商，並函報中央備查，惟經中央核示該條例違反「租稅法定主義」，即地方政府對於稅捐之徵免，除符合地方稅法通則等法律之授權範圍，不宜自行訂定，縣府遂依函示刪除該條例第12條第1項「有關投資計畫之融資貸款、地價稅、房屋稅、契稅等賦稅減免、投資扣抵或其他投資獎勵誘因，若符合其他較本自治條例優惠之法令規定者，得從其規定辦理。」，造成招商後原訂獎勵條款無法實現，使投資人權益受損。經投資者歷年來多次陳情，縣府檢討前訂定之獎勵自治條例，於招商後刪除獎勵條款，未妥予修訂獎勵替代條款，對該投資者有失誠信及公平，爰檢討納入制訂「澎湖縣獎勵民間參與投資開發縣有土地發展觀光產業自治條例」以為補救作為。
馬公第三漁港商業區馬公段2666-7地號土地開發係本縣首宗獎勵民間投資重大案件，契約內容及條件均參照促參法規設定，但相較本府後續推動之促參案件，卻無法享有相當之租稅及其他優惠，投資人因信賴該條款於公告投標時認為可適用促參法之其他優惠，致使投資人權益受損，有違行政程序法第8條行政行為應以誠實信用之信賴保護原則；致當時刪除獎勵條款顯損及投資人享受獎勵之權益，亦有違依行政程序法第9條政府行政程序應於當事人有利及不利之情形一律注意之規定，爰此縣府為符獎勵招商政策之初衷，基於政府招商公平正義原則，避免招商案件適用法規不同，獎勵方式前後不一，兼顧不牴觸租稅法定主義原則，並參考現行「促進民間參與公共建設法」及「澎湖縣促進民間機構參與重大公共建設減免地價稅房屋稅及契稅自治條例」規定，以獎勵補助房屋稅方式擬訂「澎湖縣獎勵民間參與投資開發縣有土地發展觀光產業自治條例」草案，經提送109年12月本縣議會第12次臨時會審議通過，並依地方制度法第26條規定於本(110)年1月發布實施，且提報中央交通部並同時將開發個案於函文中特別說明，該部於110年3月間核復准予備查，立法程序完備；為利執行縣府於111年度總預算編列新臺幣1,131萬元經費2個年度之補助需求。
有關法不溯及既往乙節，「不溯及既往原則」源自信賴保護原則，指為了確保人民對於法律的信賴，相信法律能夠對其權益有所保障，不能夠用行為發生後所制定的法律，去規範已經發生過的行為。一般來說， 行政法係以不不溯及既往為原則，溯及既往為例外，基於此原則，除於制定法律時以衡量公益與利益保護之結果，會明訂行政法規得例外的溯及既往外，行政機關於適用法規時，即應遵守該原則，因此除法律修正後對人民有利，法律的制定（適用）多採不溯及既往原則，本案自治條例訂定與「不溯及既往原則」並無相關。
澎湖縣政府近20年來積極辦理招商，帶動無數就業機會，基於招商誠信及公平正義，並秉持依法行政完成獎勵投資法案制定，於疫情期間並減免投資者經營權利金及土地租金，展現地方政府最大招商誠意，期許大家共同努力，建構澎湖更好的投資環境，期盼未來有更多優良企業到澎湖來投資，讓澎湖的觀光服務事業更加蓬勃發展。