新台華輪案原本於前縣長陳光復時期已拍板定案，賴峰偉上任後，於1月將船體改回原來版本，這突如其來變革並未事先告知議會，讓不少議員相當氣憤；而外界相當好奇突然改變原因，昨賴峰偉把責任推給議會，說是按議會107年定期會議長結論指示：「臺華輪應規劃客貨兩用，且噸數要比舊臺華輪大，以符鄉親需求及民意」。
賴峰偉報告說，今年1月聽取「新臺華輪專案報告」後，決定採104年「船速提升研究的單胴體鋼船」，船長136米、船寬18.5米、客貨兩用（載運人數720人、載貨1250噸）、船舶噸數1萬噸（原臺華輪8,134噸）、最高航速27節、經濟航速12至26節、柴油電力推進系統，高雄馬公航程約3小時，另有142床臥鋪。
他指出，新台華輪採單胴體船，最高航速27節，高雄馬公航程約3小時，每年虧損可控制在1,000萬內，且澎湖冬季海象不佳，單胴體船抗浪性較好，冬季陣風9級仍可航行，適合運補物資，滿足離島民生需求，相較高速雙胴體船雖最高航速34節，高雄馬公航程約2.5小時，但油秏高，每年虧損約5,000萬，且陣風6級即需停航。兩相比較只相差半小時航程，若採單胴體船，每年可為縣庫節省4,000萬。
賴峰偉說，新臺華輪穩定性高，鑑於國內對高速雙胴體船的檢驗、營運經驗不足，曾發生船艏斷裂、停機率過高等問題，因此中央主管機關對高速雙胴體船持保留態度。99年連江縣政府曾爭取高速船，但遭中央否決，顯見現行中央政策支持穩定性高的單胴體船。
他指出，目前重估新台華輪建造價格達新臺幣23億元，原行政院103年核定18億補助經費，已不敷支應。為期順利推動，他於21日拜會總統府陳菊祕書長，尋求中央協助，陳菊給予支持，將新臺華輪提昇至一定水準，使澎湖鄉親返家不再辛苦，並允諾向蔡英文總統報告澎湖鄉親需求。
議員張再興則認為新台華輪不知何因變更，賴說法是騙外行人，降低航速後未來一樣要4小時半才會到高雄，但現代人需求早已不同，人民要求的快速、舒適、安全再正常不過。再說，快速輪也可採上鋁下鋼方式設計，並不會有行駛破裂問題，尤其目前鋼板價格下跌，根本不須增加五億經費。
他強調，台華輪是政策航線，國家要負責盈虧，並不是專門為盈利，而應是肩負台澎運輸功能，不應只計較虧損成本；且按目前規定，港區達到9級風就不能出港，不只港務主管機關不准、保險公司也不理賠，甚至高雄港現在只要8級風，連貨輪也不能出港。
張議員說，賴縣長可能心中認為是善意，但在別人觀點看起來卻不一樣，他也可以理解賴縣長對船體不了解，應多請益專家，但這艘船將影響澎湖起碼25年之久，縣府若按照去年通過版本他可以接受，如果執意要改回原版本，不如退回中央管理，反倒澎湖也比較省事。
宋國進說，新台華輪已延宕多年，顯示政府執行率相當差，也不應說改就改，應傾聽各方意見。宋國進則認為，前二任縣長都有考量舒適與速度，尤其新船並不是只有澎湖鄉親搭乘，未來也可以帶動觀光，所以速度一定要夠快。針對台華輪營運，他認為這是長期必須面對虧損，由地方經營恐成為財政沉重負擔，他個人反對由地方經營。宋議員說，台華輪是台澎兩地大眾運輸，如若中央不接手，縣府也應以大眾運輸補貼方式，要求中央減輕地方負擔。
舊台華輪不只營運效益差，進出港造成汙染也很嚴重，陳慧玲強調，造船技術層面已非議員可以全面監督，但他仍要反映民眾訴求，包括安全、速度。
她指出，新台華輪應該思考如何做到營運不虧錢才是正確方向，以目前鄉親選擇上來說，如果要選也是搭飛機，除非萬不得已沒機票才改搭船，就算新船在怎麼快，也不會是民眾第一首選，所以縣府應先看清問題。她認為，新台華輪所規劃的服務、設施必須要有足夠吸引力，才會有廠商願意投資，如果能夠做到讓民眾、旅客搭乘這艘船時，並不會覺得漫長，甚至成為旅遊一部分才有意義。
旅遊處長表示，造船有很大專業，她也希望夠符合期待的，尤其未來營運重要性，會參考議員建議全盤思考，並強調政府有責任造出最好的船，至於是不是回歸交通部，會再與中央溝通。
主席副議長陳雙全表示，台華輪是所有鄉親期待，舊船已經使用30幾年，縣府在設計、營運、安全各方面應盡力達到鄉親需求；在營運效益上，速度快、耗油就多，但相對搭乘人數也就增加，如何取得平衡點，就是縣府的考驗。
會議最後裁示，請縣府先行與中央溝通，將新建與營運全數交由中央來統籌處理，相關結果於五月定期會向大會報告。