環保局指出，各目的用船業者及修造船業者，進行船舶建造、修理、拆解、打撈及清艙作業時，應依海洋污染防治法第32條採取下列防護措施，並清除污染物質:
1.於施工區域周圍水面，設置適當之攔除浮油設備。
2.於施工區內，備置適當廢油、廢(污)水、廢棄物及有害物質收受設施。
3.防止油、廢油、廢(污)水、廢棄物、殘餘物及有害物質排洩於海洋。
環保局提醒，違反海洋污染防治法第32條規定者，總噸位四百以上之一般船舶及一百五十以上之油輪或化學品船：新臺幣一百萬元以上三千萬元以下罰鍰，未達前款規模之船舶可處新臺幣30萬元以上~300萬元以下罰鍰，並得限期令其改善；屆期未改善者，得按次處罰；情節重大者，得令其停工。除此之外，修造船業者所使用之船用油漆應有環保標章，使用時需注意避免油漆流入海中，同時需維護廠區的週遭環境整潔，籲請修造船業者及各交通、娛樂、漁業目的用船業者勿存投機取巧心態以身試法，並應共同維護澎湖這片美麗的海洋環境。