「辦理寺廟登記須知」第20條規定「寺廟應按其財產情形，興辦公益或慈善事業，寺廟經費應用於宣揚教義、修持戒律及其他正當開支。寺廟負責人並應依規定將收支報告報直轄市、縣(市)政府備查並公告之。
本縣登記立案寺廟計191座，截至112年6月12日止，共計75座寺廟依規定完成110年度收支決算報告申報作業，尚未申報寺廟共有116座，分別為馬公市37座、湖西鄉31座、白沙鄉14座、西嶼鄉20座、望安鄉12座、七美鄉2座。
縣政府民政處表示：距離110年度終了已近1年6個月，登記立案寺廟應本諸宗教團體恪遵法令規範及發揮自治自律精神，儘速編製110年度收支決算報告表，由負責人、監事人員及會計人員分別核章後，召開信徒大會或執事會(依組織章程規定之最高權利機構)審查，再將會議紀錄及相關附件報送所轄鄉(市)公所轉縣府備查。