東衛水庫為本縣主要水庫之一，原集水範圍涵蓋東衛社區聚落及相關公私營單位，加上周邊近年新建住宅林立，龐大的生活污水，致原雨污分流系統無法負荷，另原有設置之污水截流系統因年久失修，溝牆滲漏，造成生活污水恐由滲漏入庫之虞，縣府今年於東衛一號引水道設置雨污分流系統，完成污水專用管佈設1,131m收集鄰近家戶生活污水統一排放，並採生態工法保留渠道生態池，維持生態多樣性，達到水庫水質改善目標。
縣府呼籲水庫周邊地區為水質水量保護區，屬環境敏感地區，為避免水庫水質遭受汙染，針對水質水量區保護區內之建築，縣府將要求務必採雨污分流設計，且污水管將務必接入本府已建置之污水截流系統，透過源頭管制，確保水質安全，為離島的資源永續盡一份心力。
△東衛水質。