澎湖縣政府表示，5月19日全國進入三級警戒後，有鑑於當時全國確診人數每日動輒數百人，賴峰偉與劉陳昭玲、楊曜、三總澎湖分院長施宇隆、部立澎湖醫院院長匡勝捷等人在5月23日研商，決定向中央爭取在澎湖機場設置快篩站，要求旅客入境時配合快篩檢測。
澎湖縣政府指出，澎湖機場快篩站自5月28日啟動，累積入境到站篩檢8,429人次，其中12人快篩陽性，但PCR檢測皆為陰性。此外，中央流行疫情指揮中心6月3日在台北、台中、嘉義、台南、高雄航空站亦設立篩檢站，累計入境澎湖旅客在台篩檢17,931人次，全數陰性。
澎湖縣政府表示，為防堵疫情自海上進入，6月16日起漁船至台灣交易漁獲返回後，船上人員一律接受篩檢，截至8月12日止累積篩檢漁船數107艘，篩檢人數共477人，其中1人快篩陽性，經PCR檢測為陰性。
澎湖縣政府指出，目前國內疫情趨緩，中央調降警戒等級，縣府預計逐步將醫護量能、行政人力從執行入境快篩轉至疫苗施打，加速提升澎湖疫苗涵蓋率，盡快達成常住人口疫苗涵蓋率80%的目標，進而提高完成第二劑施打人數，建立澎湖群體免疫，因此縣府16日起將暫停海空運旅客、澎湖籍漁船入境快篩。
△澎縣府16日起旅客、縣籍漁船入境暫停快篩。