環保署呼應歐洲綠色新政「農田到餐桌（Farm to Fork）」的精神，減少化學農藥、化學肥料與抗生素使用，提倡農民合理化施肥及水質保護的觀念與行動，以降低農業逕流水營養鹽濃度污染，且過量施肥會造成作物損害，且隨著施肥量增加，田間入滲水及逕流水之氮、磷等物質濃度也隨之增加，而增加水體水質負荷。
環保局表示，除了在本縣水庫水質水量保護區內，已積極宣導推動社區、餐飲民宿業，使用無(低)磷洗潔劑外，並於成功、興仁、東衛水庫集水區內，針對集水區內農地不定期進行巡查作業，並與農漁局合作，規劃辦理推廣畜牧場沼液沼渣肥份再利用，以及合理化施肥與水質保護的推動，以期逐漸改善水庫水質。
環保局指出，珍惜保護水資源人人有責，期盼能在政府和民眾的配合下，逐步提升水環境的品質。同時為維護澎湖縣水環境，民眾若發現廢水非法排放等污染情事，請撥打全國免付費公害陳情專線0800-066-666或縣民服務專線1999檢舉，環保局派員將盡速前往處理，以維護本縣水環境潔淨。