航港局表示，由於國內商港103年起已委託港務公司經營管理，因此有關媒體所載馬公商港因進出港船舶未依規定緩輪慢行，可能影響鄰近港區船舶進出、泊船等安全議題，航港局為確保航行安全，將要求港務公司督促馬公管理處儘速依據澎湖商港(馬公港及龍門尖山港)的港區環境、作業特性及管理需求，研擬相關管制措施，並邀請各相關機關構協商後，送交航港局核定後公告施行，以超前部署、避免未來可能的航安危因。
航港局強調，舉例而言，高雄國際商港於56號碼頭至63碼頭問航道水域劃設為航速限制區，除緊急避難處置等特殊狀況外，過往船舶航速限制7節以下，並應與靠泊船舶保持安全距離緩輪慢行通過等相關作業規定，便是由港務公司訂出「高雄港船舶進出港及移泊交通管制作業原則」後，報總公司核備後即據以實施，以強化高雄港的安全維護與管理，馬公港亦應循此方式辦理。