環保局表示，依水污染防治費收費辦法第十六條之規定，事業及污水下水道系統應依中央主管機關規定之格式，以網路傳輸方式填具水污染防治費申報資料，並至中央主管機關指定金融機構代收專戶繳納水污染防治費後，向中央主管機關申報。而申報繳納期限則為每年1月31日前，申報繳納前一年7月至12月之水污染防治費；每年7月31日前，申報繳納當年1月至6月之水污染防治費。
環保局指出，為使事業單位充分瞭解徵收方式，環保署已建置「水污染防治費網路申報暨查詢系統」(https://wpcf.epa.gov.tw)，以便於業者查詢參考。所徵收之水污費，將專款專用於河川污染整治及水源水質改善相關工作，以期加強環境水體保護，促使水體水質日益潔淨，進達成保護本縣水環境之目的。