縣府自98年起採推估方式統計蒞澎遊客人數，於102年起對外公布時，增加觀光人數計算方式之說明，係以入境人數扣減實際澎湖籍乘客人數計算，然在縣府旅遊處查證後了解，102年至108年統計採用之方式實際上仍是以推估方式計算，也因此，今年度的觀光人數，旅遊處已立即更正計算方式，不再以推估方式，而改向民航局、航空業者以及航港局、船公司調查實際澎湖籍乘客人次，以入境人數扣減實際澎湖籍乘客人數計算觀光人數，以符實際，並精確掌握實際觀光人數。
旅遊處指出，105年迄今之離島居民搭乘人數資料，縣府已向各交通業者、民航局取得，並已更正統計數據公布於旅遊處網站，至於102至104年度資料，縣府也將於取得後儘速更新統計數據並公布。