澎湖南方四島國家公園海域分為一般管制區、遊憩區、特別景觀區及生態保護區，一般管制區及遊憩區可從事水域遊憩活動，鐵砧生態保護區是完全禁止水域遊憩活動，另外在特別景觀區，為保護生態與控管旅遊人數以維護人員安全，則須向海管處申請許可才可以進入從事水域遊憩活動；為了水域遊憩安全及避免船舶下錨破壞珊瑚礁，海管處在東吉嶼及東嶼坪嶼之海域遊憩區設置了五個繫纜浮球泊位，提供給乘船前往浮潛之遊客船舶停泊使用。浮球之設計採用相當顯眼之橘色，在繫船纜繩部分採用浮水材質，並加掛小顆浮球方便勾纜。
另外，澎湖縣政府也特別在海域特別景觀區設置十個繫纜浮球泊位，歡迎民眾使用。
海管處表示，現地單位東吉管理站為水域活動的遊客安全，只要海象許可每日都會在國家公園海域內巡邏，並配合海況變化採行必要之限制和管理；惟日前有民眾辦理獨木舟活動，不聽現場人員勸阻，無視海象不佳仍執意出海活動，因漂離航道無力回航，後由海巡艇出海協助救援，幸虧人員皆平安獲救，因此海管處呼籲從事水域遊憩活動除了事先申請外，也要有萬全的救生裝備或選擇專業業者辦理的水域活動，最重要是在親近海洋過程中瞭解大自然的力量，非挑戰海洋而是尊敬海洋。
△東吉湛藍的大海及美麗夢幻的海底薰衣草森林吸引遊客前往。（民眾提供）