民航局說，各航線離峰日期及時段航班均尚有空位，建議原先訂購遠東航空機票或尚未訂妥機位旅客可多加選擇並儘早訂位。首波春節加班機已於 11 月 26 日至 28 日開放訂位，航空公司也依旅客需求規畫第二波加班機，其中金門航線提供 13,164 個座位數，澎湖航線提供 12,672 個座位數，總計提供 25,836 個座位數；至於馬祖航線部分，目前大部分航班仍尚有空位。
民航局提醒，訂票後 3 日內須完成開票，尖峰時段機票均會加註「限當日當班次有效」及「逾期作廢」使用限制，如因故無法搭乘原訂航班時，務必於航班起飛前通知航空公司取消訂位，並至原開票處依原機票規定辦理退票，航空公司將依機票使用規定收取票價 10% 之退票費用。
根據民航局統計，遠東航空停飛影響，截至 21 日共受理退票共 60,567 筆，退票張數共 16 萬 5 千餘張。