為因應財團法人法排除宗教財團法人的適用，縣政府特依內政部所訂定「財團法人法第七十五條第二項宗教財團法人之範圍」配合修正「澎湖縣政府審查宗教財團法人設立許可及監督要點」，並自108年11月25日公布施行。
修正後的要點，除明確規範宗教財團法人的定義與要件外，更將俗稱「家廟」的宗祠排除在外，並刪除寺廟須先完成寺廟登記使得申請設立宗教財團法人的規定，以簡化寺廟財團法人的設立流程。
縣政府民政處呼籲，寺廟財團法人的成立流程雖經簡化，但申請設立宗教財團法人，仍應符合不動產(含土地及建物)經估價師估算公告價值達新臺幣500萬元或現金總額不得少於1,000萬元的限制，完成設立登記後的運作更應符合要點第11點及第12點所訂各項規範，並接受縣政府監督，以達成設立時的宗旨及目的。