大倉媽祖成為賴縣長就任以來最棘手問題，今年4月大倉召開座談，最終居民以25：13強力反對媽祖園區續建，主因包含縣府這些年擺爛令他們不敢恭維，後來縣府原本有意在馬公金龍頭、風櫃蛇頭山、湖西龍門裡正角、西嶼東台、白沙大倉島等五處分析場址利弊，這也讓各鄉市長搶破頭，希望媽祖能同時帶來觀光財，不過11日縣務會議，賴縣長直接宣布大倉媽祖原址續建，讓外界跌破眼鏡。
賴縣長施政報告時指出，連江縣與澎湖同時要蓋媽祖，結果105年連江媽祖巨神像已經興建完成，澎湖卻因為前朝主政者突然宣布停工，後續對大倉的發展也置之不理，導致居民不信任縣府，想法也出現分歧，有人支持媽祖放置台灣，也有人心疼媽祖身首異處；賴縣長坦言各項建設推動都有不同聲音，要消除雜音不是那麼容易，同時表示大倉媽祖攸關全澎湖的大事，不單純只以大倉意志來決定，過往王縣長時期大倉居民也很贊成，並以自己臉書960個按「讚」數及99個「怒」表達多數民眾支持大倉媽祖續建。
賴峰偉說，縣府重新思考近一年，聽取各方意見，決定於大倉島原址續建媽祖，且一定會達成，並保證三原則：未來不擴建港口、不浚挖航道、登島人數總量管制，降低對生態的影響。未來媽祖文化園區完成後，將成為澎湖海上新地標，旅行業會配合規劃從西嶼、白沙等處搭船前往，觀光動線選擇很多，促成內海觀光活化。
「一個人過度自信就會陷入自以為是，賴縣長正在這個迷思當中」，陳慧玲重申不反對媽祖園區興建，但仍要提醒大倉續建早前就引起爭議，同時認為賴縣長舉例臉書按讚非常可笑。
陳慧玲指出，民主社會有多元聲音，賴縣長身為一縣之長理應尊重，她質疑賴峰偉臉書直指續建成本最低、效益最大說法，以及總量管制計算、環評等，所做決定太草率。她呼籲賴縣長要傾聽不同意見，人民才會尊重你，而不是要求大家都要聽你的。
張再興同樣也認為，賴縣長不要自我感覺良好，他說，當初興建大倉媽祖的起心立意就有瑕疵，早前葉處長所做決定，並不是為了澎湖發展而蓋，而是從堪輿角度出發。他提醒賴縣長「小廟放不了大神」，媽祖已經顛沛流離多年，既然縣府先前有提出選擇方案，為何不徹底執行，讓每個地點利弊得失說出來。
「反對任何離島興建，只要開車能到都贊成」，李添進指出，從王前縣長到現在，他對大倉媽祖始終堅持這個理念；並反斥賴縣長所謂保證無法影響到未來縣長，只能在自己任內實踐，這項保證等同多餘的。李議員提醒，每位議員都握有預算審查權力，賴縣長最起碼應該尊重民意，先說明各地點優缺。
許育愷認為，湖西已經囊括澎湖8大鄰避設施，希望媽祖能夠興建龍門，保佑往返商船，也符合媽祖海神形象；同時建議如果一定要在大倉，乾脆把焚化爐跟媽祖包裹一起興建。
議長劉昭玲則協助緩頰強調，迎回媽祖是大家共識，並呼籲賴縣長要廣納民意，就算是少數意見還是要尊重，並適時與地方基層溝通、弭平不同意見，避免一意孤行；同時請縣府提供五處評估點利弊得失給議會，事先與議員協調溝通，廣納各方意見，畢竟議會還是握有預算權。
議長建議縣府或可先擇優汰劣，剩下2、3處地點來做網路投票或由觀光客票選，讓民眾可以表述意見，取得全民共識。最後議長呼籲縣長擇日到議會做專案報告，才能釐清大家疑慮，也聽聽議員間不同意見。