環保局指出，依水污染防治法第14條之規定，「事業排放廢（污）水於地面水體者，應向直轄市、縣（市）主管機關申請核發排放許可證或簡易排放許可文件後，並依登記事項運作，始得排放廢（污）水。」；而同法第7條第1項也規定，「事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施，排放廢 (污) 水於地面水體者，應符合放流水標準。」因此，各事業均須依排放許可文件中登記之處理方式切實執行，將事業本身產生的廢污水處理至符合放流水標準後始得放流。違者將依水污法第45條第1項及第40條第1項之規定，分別處以處新臺幣6萬元以上600萬元以下罰鍰或6萬元以上2000萬元以下罰鍰。
環保局表示，本縣轄內目前計有水污染列管事業78家，各業者均須依許可證中所核准的處理方式確實執行，本局亦將不定期至各事業進行稽巡查，業者切勿抱持僥倖心態，以免違法受罰。同時也提醒縣民朋友們，在發現水污染事件時，可以1999縣民專線通報，保護澎湖水環境，減輕污染事件對環境造成的傷害，由我們全體縣民一起來共同努力，維護本縣水體環境的整潔。