康熙36(1697）年武聖廟由澎協尚宣於媽宮澳西側校場（澎湖司令部東側）興建，至光緒元（1875）年總鎮吳奇勳因武聖廟頹廢傾圮，與通判唐世永於馬公紅木埕附近官地重建。不久清法戰爭爆發，武聖廟也受到毀損，1891年才由總兵吳宏洛重修並增建後殿與半月池。昭和12(1937）年由馬公紳商發起重新拆造增高。1945年後，武聖廟被駐軍占用，駐軍撤離後於民國62(1973)年由里人募款重建為今日二層樓建築，並增建鐘鼓樓。
武聖廟的一般古物，除了有澎湖通判蔣鏞和澎湖水師副總兵官詹功顯於道光15 (1835) 年同獻的「亘古無雙」匾，亦有王得祿於道光辛丑(1841)年捐獻的「大義昭垂」匾…。這些古物的捐贈者，多是駐紮澎湖、擔任要務的文武官員，顯現武聖廟在清代官祀祠廟的地位，以及澎湖軍區的特色。這些古物目前皆置於武聖廟2樓的文物陳列室，有興趣的民眾不妨一探究竟，但因為古物本身年代久遠、匾額漆層多起甲，請民眾勿動手觸摸。而武聖廟及本縣文化局目前亦積極啟動保存環境及修復評估。
本縣目前已經指定古物已有38案(未含武聖廟5案)，可在文化部文化資產局「國家文化資產網」查詢相關資訊，另依據文化資產保存法第103條，毀損或竊取國寶、重要古物及一般古物者「處六個月以上五年以下有期徒刑，得併科新臺幣五十萬元以上二千萬元以下罰金」。文化局表示私有文物指定為一般古物、重要古物或國寶，所有權人仍是私有人/單位，並可以運用國家的資源予以保護或教育推廣。
文化局仍持續辦理「澎湖天后宮」29案及「西嶼慈航寺」等1案私有古物指定作業，希冀增添澎湖文化觀光的亮點，亦做為歷史光景的活教材。
△私有一般古物-武聖廟「超羣絕倫」匾呈現清代武將與關聖信仰的關係，具澎湖軍區的文化特色。
△私有一般古物-武聖廟圓口三足石香爐|澎湖的石香爐十分少見，距今已有230餘年。