1919（大正9）年海靈殿發起重建，廟內現存有當時重建芳名匾，以及當時重建董事黃財隆所獻「海闊靈昭」柱聯可佐史。1970年馬公市區發展興盛，為了不使廟宇低於周遭房屋，因此重建為二樓廟貌，工程於1973年落成入火。2014年召開信徒大會，決定於該年陰曆十一月初三出火，2017年落成入火。
澎湖百年歷史以上的廟宇多達120間，過去足以證明廟宇歷史的文物，也因屢次翻修而散失、汰換，若加上不當的整修及管理，這些具有文化價值的物件會逐漸滅失。為了讓廟宇、教堂執事者及熱愛鄉土文化的民眾，有正確的文物保存維護的概念及操作方式，文化局訂於11月17日（六）及11月18日（日）2天於南甲海靈殿地下室，針對木質文物進行文物清潔的實作課程，希冀讓本縣的珍貴文物傳續給下一代。
只要年滿14歲的民眾，歡迎至文局官網站線上報名，洽詢電話06-9210405轉6404鄭先生或6409簡先生。報名期限為即日起到11月14日(三)上午12時止。報名人數以20人為限，額滿即止。
△見廟宇文物受損情形—蟲害。
△常見廟宇文物受損情形—水漬。