澎湖縣政府社會處主責0-6歲發展遲緩兒童早期療育通報轉介中心暨個案管理中心，經通報轉介中心評估後續有需要輔導者，將轉介至個案管理中心接續提供服務，如進行個案評估、擬定服務計畫，規劃及執行家庭支持性活動等。另包括發展遲緩兒童早期療育費用補助，鼓勵與委託民間辦理早期療育機構(含兼辦早期療育業務之機構)，提供發展遲緩兒童日間療育、時段療育之療育及照顧服務，以及於資源不足鄉鎮區推動社區療育服務，如幼兒療育服務、提升親職技巧、家長團體與親職活動、兒童發展社區宣導及預防服務等。
澎湖縣政府教育處著重於學齡前及學齡期特殊需求兒童的教育安置，包括：
1.協助學前（3-6歲）幼兒園相關機構，執行早期篩檢，並建立轉介機制。
2.協助國小（6-12歲）學校透過鑑定與安置機制，將特殊需求兒童安排適當學習環境(普通班、資源班、特教班)，推動資源班模式獲得個別化支持；設立特教支援中心，由特殊教育教師、心理師、社工師、治療師組成跨專業團隊，提供個別化教育方案（IEP）；提供輔具設備相關科技資源；舉辦親職教育與家長支持等相關活動。
3.協助國中（12-15歲）階段特殊需求學生適性升學與職涯規劃，推動生活自理技能訓練；針對自閉症、情緒障礙或學習障礙學生提供專業心理輔導與支持服務。
澎湖縣政府衛生局擔負發展遲緩兒童聯評中心以及醫療復健相關醫療院所佈建及督導之責，並輔導各衛生所、兒科相關醫療院所透過嬰幼兒定期健康檢查，進行兒童發展篩檢，及早發現可能的遲緩跡象。