目前馬公港務大樓進行外牆修繕，並設置工程圍籬，讓戶外候船空間縮減，傳聞是為了雄獅承租6至12樓旅館部，13樓頂樓的合約，也從原本的20平方公尺，變更追加承租700平方公尺，讓外界質疑港務公司有獨厚雄獅之嫌？
另外，雄獅原契約6樓是辦公室，竟想變更為房間。現又傳出港務公司發函給航運業者，要10月底旺季結束後搬家，把航港局馬公航港科挪到3樓去，5樓再變更租給雄獅。
針對外界質疑，港務公司高雄港務分公司總經理王錦榮表示，馬公港務大樓因整體規劃，要求航商辦公室先行遷移，未來將提供更完善的辦公空間，至於航港局辦公室原規劃由5樓遷移，現也決定原樓層保留。
至於馬公港務大樓外牆修繕，是因為帷幕觀景電梯玻璃漏水，需要進行整修，與雄獅承租無關。
△馬公港務大樓整修工程，引發外界質疑獨厚。（莊惠惠攝）