農漁局指出，從事飛魚卵作業之漁業人應配合事項計有草蓆標示、每日填寫漁撈日誌、填寫漁獲核銷紀錄表、卸魚聲明等，並於八斗子、磺港、野柳、富基、萬里、烏石、南方澳、梧棲等8個指定漁港卸貨。
而未經許可採捕飛魚卵、違反許可採捕期限制、規避或拒絕海巡機關、主管機關登檢等相關規定者，可處收回漁業人漁業執照、漁業從業人幹部執業證書或船員手冊一年，並停止優惠油價補貼等處分；違反詳實填報、繳交卸魚聲明書、於非指定漁港卸貨者，可處漁業人及漁業從業人各新臺幣3萬元以上15萬元以下罰鍰。
農漁局呼籲，為保育及永續利用飛魚資源，請有意從事兼營飛魚卵漁業作業的漁友務必配合依規申請並遵守相關管制措施，共同維護飛魚資源。