如果這類有害廢棄物未依規定處理流入社區甚至任意棄置，恐會造成感染性風險與環境污染。為了保障在地民眾健康與環境安全，衛生福利部澎湖醫院依據「衛生福利部所屬醫療機構生物醫療廢棄物委託清除處理規範」及「事業委託清理之相當注意義務認定準則」據以訂定生物醫療廢棄物處理契約，要求須具備甲級廢棄物合格處理之契約廠商，須指派專人以許可車輛清運，且全程以低溫方式確保廢棄物溫度清運，澎湖醫院並可運用全球衛星定位功能（GPS）技術，追蹤廢棄物清運機具之行車軌跡，以便即時稽查車輛動向。當廢棄物運載至廠商自有之焚化爐時，再依熱處理法全程高溫焚燒進行處理，而產出的焚化灰渣與飛灰經防制措施依規定妥善處理，將其固化並清運至最終處置場所儲放。
澎湖醫院總務室會同政風室共同實地訪查廠商，督導廠商確實履約，防範風險弊端發生，並確實遵照規定填具遞送聯單及清運紀錄，呈報主管機關審核。澎湖醫院院長匡勝捷表示，期以結合公、私部門力量共同監督廢棄物清理流向，攜手為環境保護盡一分心力，達到醫療永續發展、友善環境的目的。
△生物醫療廢棄物哪裡去？澎湖醫院跨海追蹤後續流向。