首先是清理前記得先「拍照存證」，然後檢附「損失清單及證明文件」，於「災害損失發生後30日內向國稅局申請報備災害損失」，受災戶不論是個人或營利事業，報請所在地國稅局派員勘查核備後，得於辦理該年度綜合所得稅或營利事業所得稅結算申報時列報災害損失；澎湖地區雖免徵營業稅，但小規模營業人，因災害影響致無法營業者，仍可向該分局申請，准予扣除其未營業之天數，以實際營業天數查定銷售額核定營利所得歸課個人綜合所得稅。
該分局表示，有關災害損失減免、稅捐延期或分期繳納等相關申請書表及應檢附文件資訊，已彙整建置於該局網站（https://www.ntbsa.gov.tw），民眾可至「災害損失報備專區」查詢。如有任何問題，歡迎撥打免費服務專線0800-000-321，將有專人為您服務。