食品業者應辦理食品登錄而未辦理者，經命限期改正，屆期不改正者，將依食品安全衛生管理法第48條第3項處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰；如登錄資料不實者，將依食品安全衛生管理法第47條第3項處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰。
衛生局陳淑娟局長表示，登錄制度之目的是為了解業者基本資料及產品資訊，以有效落實對業者之輔導與稽查管理，對業者而言可強化自主管理，對整體產業而言可提升食品衛生安全品質，進而帶動產業發展。食品業者可以將自己更好的一面呈現給消費者，做為消費選購產品之參考，而消費者也可以在「食品藥物業者登錄平台」查詢業者相關資訊，選擇更好的消費商品來共創雙贏。