環保局指出，澎湖地區受先天氣候與地理條件因素，降雨量少且水源保存不易，因此水資源保護格外重要。為確保澎湖地區飲用水水質，縣內設置6處水源保護區，包含成功水庫、東衛水庫、興仁水庫、小池水庫、西安水庫以及七美水庫。而距離飲用水取水口一定距離內之地區，則不得有濫砍林木、排放廢水、倒垃圾等行為。
針對縣內飲用水水質維護，環保局持續地查驗相關環境衛生、水質檢驗等重點項目，是以當地民眾能安心使用縣內水源。除此之外各地區也設置加水站、飲水機提供飲用水之使用。
民眾自備環保容器至各飲水站點，不僅能夠安心飲水同時更可降低塑料垃圾產生，減少使用一次性使用容器。也提醒於加水站購買之盛裝水不可直接生飲，仍須經過煮沸方能飲用。飲用乾淨好水、維護身體健康，環保局呼籲持續保持並珍惜與水的對話，水資源保護是我們的共同責任。