澎湖縣政府指出，疫情升溫後，已有許多遊客自發性取消旅遊行程，從13日旅客數8,401人，16日已減少至3,240人，本週開始航空公司因市場機制陸續減班，旅客將大幅減少。
同時，縣府已重啟港埠入境紅外線體溫儀、暫停所有活動、停駛台灣好行、停止南海之星延航高雄、禁止休閒娛樂場所營業，並停止開放龍門閉鎖陣地、澎湖海洋地質公園中心、生活博物館等場館，戶外景點要求全程佩戴口罩，並保持社交距離，嚴格實施景點人流管控。
另外，5月20日起，縣府要求民眾外出全程戴口罩，經勸導不聽者罰鍰3,000元，另營業場所「用餐實聯制」、環境定期消毒、服務人員配戴口罩、協助顧客量測體溫、手部消毒、公筷母匙等個人防護措施。
澎湖縣政府表示，為降低傳染風險，縣府已要求所屬員工暫緩赴台出差，並呼籲鄉親在疫情升溫期間，避免赴台探親、旅遊、就醫，如果仍須往返台灣與澎湖，務必戴口罩、勤洗手、不要出入群聚場所，降低染疫風險。