農漁局前的凸堤東側泊位早於民國101年便設立告示牌，正式公告於每年4至10月為娛樂漁船停泊區域，後因告示牌鐵件鏽蝕，考量其安全性而進行拆除重設，並非突然禁止漁船停泊或特別優待娛樂漁船。
因應產業狀況的變動，現有馬公漁船登記數多達190艘，娛樂漁船有12艘，加上自用小船的數量日益成長，既有第三漁港港區泊位利用確實呈現緊繃，因應泊區不足問題，縣府工務處除了去年底協調東側食品加工廠前突堤增加泊位提供漁船停泊外，過去半年來也積極清查第三漁港內閒置船隻，協調移泊至其他低度利用漁港，以提供更多泊位供漁船停泊。長期則計畫於第二漁港及海八碼頭外側開闢小船與娛樂漁船專用碼頭，讓漁船、小船、娛樂漁船泊位分開使用。
至於近日發生漁船與娛樂漁船就泊位使用發生的爭議，縣府將再邀集漁船、娛樂漁船等船主再行討論協調，尋求三贏與共榮和諧的共識。