馬公國小為本縣百年老校之一，校園周邊以南洋杉圍繞，惟為配合地下停車場工程之興建，車輛進出口的配置，勢必需將出入口之樹木進行移植，實為不得已之作法，縣府由原規劃之55顆移植樹木，於現場放樣後，將不影響工程進行之樹木原地保留，最終僅移植南洋衫20棵，木麻黃2棵，榕樹8棵，其中南洋杉因移植不易且樹型較大，故移植至林投育林公園用地內復育，未來結合林投沙灘防風林塑造整體海岸綠帶，其餘樹木將移至隆貴公園栽植，並另請專業團隊協助監督整個移植作業。
本縣自賴縣長上任以來，致力於推動「公園城市」概念，本案地下停車場工程亦以保留現場植栽為優先考量，惟馬公國小操場樹木圍繞，為相關出入口之設置，無可避免將移除部份樹木，後續於工程完成後，亦預定以大葉山欖及瓊崖海棠進行補植，綠化教學環境，提高校園品質。