位於澎湖天后宮旁，也是全台第一街「馬公中央街」端點的「原澎湖廳憲兵隊」，具300餘年歷史，康煕年間即設澎湖水師協鎮署於此，後改為澎湖通判衙門；日治時期，設「澎湖島憲兵分隊」，並進行建物改選，今作為文創中心的入口建築，及同時被劃定為歷史建築的原馬房、和室、劍擊室，均為當年所築。戰後，此地歸澎湖防衛司令部運輸部使用；1958年，改編為澎湖防衛司令部馬公港指揮部。1995年，拆除兩棟日式宿舍，改建二樓鋼筋混凝土建築，即今園區後方的「寢室大樓」。2002年，澎湖縣政府公告登錄為歷史建築。
2019年，洪根深將其近200件作品及大批收藏書籍、文物，捐贈澎湖縣政府文化局；幾經選址更替，終於落腳原憲兵隊。洪根深美術館之設立於此，除表彰藝術家個人之傑出藝術成就，成為該縣共同文化資產，亦期待成為全台現代水墨展示、推廣的重要平台。
洪根深除作為傑出藝術創作者，也是美術運動及美術教育推動者，更是知名策展人；為凸顯他多元角色，在美術館開館同時，亦由他親自策劃「墨問──水墨創作風格趨向展」特展，邀請新一代水墨創作者，包括：盧福壽、洪上翔、詹獻坤、石忘塵、李明啟、蔡文汀、黃法誠、蔡旻芸、李品墨、吳佳軒、鄭彥民、張世綸、陳玫蓁、蔡春萍等人最新創作，作為該館洪根深作品常設展外，首場主題策劃展，並彰顯洪根深在台灣水墨創作發展脈絡中，由「現代」走向「後現代」的導師型地位。
配合美術館開館及「墨問」特展，12月18日將有一場學術論壇，除美術史家蕭瓊瑞的專題演講，闡析台灣當代水墨發展的類型，特別是由「現代水墨」走向「後現代水墨」的趨向特徵外，並邀請李振明、詹獻坤、王文良、蔡文汀、蔣伯欣、黃芊育等人發表論文；受邀擔任主持及評論者，另有劉國松、黃光男、白適銘、王國裕、盧福壽、洪上翔、洪進業等人，是近年來，尤其是全球疫情籠罩下難得一見的藝文盛會，也開放給所有關心藝文的朋友們自由參觀、聆聽。
洪根深美術館的設立與開館，讓馬房華麗變身成為美術館，成為最佳借鑑的典範。