目前本縣常見違規態樣以住宅區及農業區之違規使用為最大宗，如住宅區違規經營視聽歌唱場、酒吧、飲酒店，或農業區農舍配合耕地未積極作農業使用等，倘經本府查獲違規事實，除可依都市計畫法第79條規定裁處新臺幣6萬元以上30萬元以下罰鍰，並得勒令拆除、改建、停止使用或恢復原狀。不拆除、改建、停止使用或恢復原狀者，得按次處罰，並停止供水、供電、封閉、強制拆除或採取其他恢復原狀之措施，其費用由土地或建築物所有權人、使用人或管理人負擔。縣府表示，本縣每年均有違反分區使用之案件，多數民眾均願意配合改善，少數不改善者，縣府皆依法裁處。
另，依據本縣處理違反都市計畫法事件統一裁罰基準，第一次裁處是以使用人為裁罰對象，自第二次裁處起，將併罰使用人及土地所有權人，呼籲業者及地主於開業或出租前，應先確認相關土地使用管制規定。
若民眾欲查詢使用分區或有土地使用規範之疑義，可洽澎湖縣政府建設處城鄉發展科06-9274400-503諮詢。