海洋國家公園管理處表示，並無〝盼回歸國家公園管理法〞及〝海管處希望藉由縣府研議開放西吉嶼藍洞之際，將依照文資法劃設的南海玄武岩自然保留區廢除，回歸國家公園管理法，讓已成為海洋國家公園的南方四島，能整體進行規劃，避免一區兩制〞等相關表示。
至於西吉嶼藍洞範圍當地人稱為「灶籠」，係由澎湖縣政府於民國97年依「文化資產保存法」納入「澎湖南海玄武岩自然保留區」，依該法縣政府為主管機關，而進入自然保留區應經主管機關許可，與國家公園管理可以適當銜接，並不需要廢止「澎湖南海玄武岩自然保留區」，至於未來是否開放，則仍需評估人員安全、環境衛生及遊憩管理規則情形再進一步研議。