馬公航空站表示，為因應旅遊旺季旅客疏運應變，自109年7月1日起澎湖機場規劃國内線旅客到離站分流措拖，以顺暢機場動線秩序。旅客到站部份:為紓解現有旅客到站提领行李空間，部份航機旅客將引導轉往國際線到站出口區(北到站口)提領行李出站。旅客離站部份:原國内線證照查驗及安檢處採全日雙線查驗，並於尖峰時段加開二樓國際練安檢線1線。
另外，機場1樓大廳立榮、華信航空已增設旅客報到、行李託運櫃檯，疏解旅客報到及託運行李時間; 旅客聯合候補區移至國際到站出口處旁，統一受理聯合候補及叫號作業，以利接送機作業順遂。
△旅客到站分流說明圖。