主祀神明為真武大帝，供善男信女膜拜；馬公東甲北極殿充滿中國傳統建築藝術，不論是彩繪、點金柱上的書法及雕刻細膩生動的人物、鳥獸及斗拱、彎枋、雀簷亭等，均極珍貴。
馬公東甲北極殿真武大帝壽誕日有小法師，在殿前舉辦（操營、格界、造橋民眾過平安、牿軍）牿賞軍兵馬，以真武上帝為主神的廟宇在昨日都有一些慶典活動。昨日下午三時祀酒「祀酒」又稱為「祀宴或宴席」，是善信展現對神明的敬意。馬公東甲北極殿參加祀酒儀式，完成整個祀酒儀式；供應民丁吃壽誕平安紅豆湯圓。
△小法師在馬公東甲北極殿殿前舉辦操營。（嚴光澎攝）
△馬公東甲北極殿管理委員會主任委員王有基、委員與善男信女慶祝真武大帝聖誕千秋活動。（嚴光澎攝）