本賽事縣府教育處於年前即開始籌備，孰料中國大陸新型冠狀病毒肺炎疫情來勢洶洶，教育處14日召開109年中小學聯合運動會領隊暨技術會議時針對疫情防範及賽事評估後，決議本次活動不舉行開幕典禮、閉幕典禮，同時顧及學生群聚風險亦取消國小5校健康操演出及學校創意進場表演，一切以選手安全參賽為前提，防疫為優先。
教育處蘇處長在會議中一再叮囑帶隊校長、教練每日參賽前自行檢測選手體溫狀況、加強手部衛生，參與本次賽事。
109年中小學聯合運動會計縣內53所高中、國中、國小參加，共計1114位選手及隊職員、角逐101項次。同時本次運動會的成績，將納入本縣遴選參加109年全國中等學校運動會及109年全國小學田徑錦標賽選手參賽依據，希望選手全力以赴贏得佳績。
△教育處長蘇啟昌主持會議。