本縣「學生輔導諮商中心」成立於民國100年8月，目前共編制了4位專業輔導人員，皆為領有國家證照的諮商心理師與社會工作師，並負責處理縣內各國中、小第三級輔導個案，是學校輔導工作中最專業也是最後一道防線。因此，專業輔導人員除了針對學生個別需求給予輔導之外，更需與社政、衛政、醫療及警政等相關單位保持密切聯繫，適切地提供各項資源。
除了負責第三級個案之外，「學生輔導諮商中心」也是學校輔導教師的增能進修中心，每年度固定辦理「初任輔導教師職前40小時基礎課程」、「輔導教師18小時在職進修課程」、「中輟生個別職場體驗課程」、「高關懷學生愛澎湖營隊」、「小團體輔導」、「校園宣導」等核心業務，也和「凱旋醫院」、「家扶中心」等外部資源進行連結，可說是本縣學生輔導工作的統籌中心。
教育處蘇啟昌處長表示，近幾十年來全球快速變遷，孩子在成長過程中面臨了前所未有的挑戰，學校輔導工作的重要性與需求性與日俱增，「學生輔導諮商中心」除了提升學校第一線教師輔導知能外，專業心理師及社工師更需提供專業、即時的諮詢管道。此外，蘇處長特別提醒中心同仁，春節期間為發生兒少事件的高峰期，應積極補強兒少安全防護網，並於春節前針對高關懷學生進行加強關懷訪視，以降低兒少事件發生機會。
