不課徵土地增值稅與免稅不同，其前次移轉現值或原規定地價仍停留在原點，實質上為延緩繳稅時間。嗣後土地移轉，如果依法應課徵土地增值稅，以該土地第1次不課徵土地增值稅之原規定地價或前次移轉現值為原地價，計算漲價總數額，亦即須將之前累積延緩課徵之土地增值稅一次繳納。
舉例說明，林先生自80年6月25日起持有A地號農業用地，嗣後林先生於105年1月30日將土地出售與王先生，出售時檢附「農業用地作農業使用證明書」，向稅務局申請並經核定不課徵土地增值稅，即林先生出售土地時，無須繳納土地增值稅。王先生取得Ａ地號土地後，申請變更為建築用地使用，王先生於108年出售Ａ地號土地時，該地已不符合不課徵土地增值稅之規定，應以80年6月25日之申報移轉現值為原地價，計算漲價總數額，課徵土地增值稅，實際負擔該筆土地自80年起之土地增值稅。
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