總質詢每天由2位議員對著縣長及所有一級主管質詢，從上午9點30分開始至11點50分結束，每人質詢時間60分鐘，議員總質詢順序如下：
今（29）日：胡松榮（安排考察烏崁海水淡化廠）、陳振中，5月30日：呂黃春金、許育愷，5月31日：歐中慨、李添進，6月3日：蘇陳秀色、呂光宇，6月4日：蔡清續、張再興，6月5日：夏晨榮、陳佩真（下鄉考察），6月6日：藍凱元、魏長源，6月10日：宋國進、陳海山，6月11日：陳慧玲、陳雙全。
據了解，議會這次會安排工策會進行專案報告，主因是外界認定蛋黃區交通亂象就是出自工策會的主導，也讓該單位遭到議員認定是市區交通的「麻煩製造者」，而在前次臨時會時，劉陳議長認為既然工策會有意推動澎湖發展，就讓他們來想辦法解決蚵殼問題，如果工策會研究不出結果，就把該單位裁撤。