隸屬於交通部公路局南區養護工程分局的澎湖工務段，1978年前身「第6工務段」成立，到了1997年更名為「澎湖工務段」。成為交通部公路局在離島唯一的工務段，主管澎湖縣5條縣道，其中包括全長2494公尺的跨海大橋的養護與工程設計施工業務。當初設立的時代背景，是台灣省政府時期照顧離島居民的德政。
隨著台灣省政府裁撤後，加上立法院決議，規定公路局代理的全國縣鄉道養護業務，必須交還給各縣市政府自行養護。於是從2017年開始，澎湖工務段啟動了與澎湖縣府漫長的業務移交協商。
依照交接規劃，2019年交回205縣道，隨後陸續將201、202、204縣道分批還給澎湖縣政府。直到今年10月31日，考量到相關維管契約結束，最後1條、也就是包含跨海大橋在內的203縣道，也正式點交完畢。
為何5條縣道，分為多年逐條歸還，主要是考量澎湖工務段澎湖籍員工，單位裁撤後必須離家背井前往高雄工務段上班，因此讓澎湖籍員工都退休後，才正式宣告裁撤，這是公部門體恤員工的做法。
同時，澎湖縣政府工務處計畫接手後，將增加2-3名員額。
▲澎湖工務段年底裁撤走入歷史，最後1條203號縣道（包括跨海大橋），交由澎湖縣政府工務處接手。（圖/澎湖縣政府提供）