澎湖縣政府表示，本案自114年9月1日召開第一次都市設計審議委員會，續於115年1月12日召開第二次審查會議，惟申請單位（統包廠商）一直未就委員所提違法部分做修改。因此本府於115年3月4日退請統包商，確實依法修正計畫書。統包商從第一次審查會迄今，已拖延半年多仍未完成不符法令部分之修正。
澎湖縣政府指出，目前本案尚未能續送建照審查，係因三大不合法令未改善：一、停車空間嚴重不足（中央法令醫療應加倍計算）；二、防空避難空間不足（中央法令馬公市應依建築面積全部附建）；三、基地違建未處理（法令基本申請要件）。
本案為統包工程，設計規劃應符合統包契約及中央、建築相關法令，本即屬統包商應負之履約責任。惟統包廠商兩次審議會後，仍未完成違規事項之修正，致整體進度延宕已逾半年。縣府重申，審議進度取決於申請單位是否依規完成修正並送審，非縣府所能單方面決定。
另，針對外界所稱總統府或內政部介入施壓一事，並非事實。中央機關僅就本案進度表達關心，期盼工程順利推動、保障澎湖民眾醫療及長照權益，並未干預地方審議程序。
縣府強調，支持提升在地醫療與長照服務量能，惟所有公共工程均須依法辦理。呼籲統包廠商儘速依契約及相關法令完成修正，確保建築及消防安全等公共安全，以利本案早日推動，嘉惠澎湖鄉親。