建於乾隆56年(1790)福德祠佔地不大，卻是馬公市歷史最悠久的土地公廟，屬閤澎公廟。相傳土地公原供奉城隍廟中，因城隍廟隸屬泉州府澎湖廳，光緒帝褒封靈應侯（位階如省城隍），因而增祀六司官。福德正神（土地爺爺）才遷移現址。
嘉慶年間，增祀福德夫人，即土地婆。昭和3年（民國17年,1928）將原本位於台灣銀行現址的財神廟，拆廟後而無處可去，只能把財神爺移到福德祠，和土地公同龕共享香火。
民國65年(1976)丙辰荔月，信徒樂捐重建完成。經41年期間，由於屋頂破損，逢雨屋漏嚴重，故於民國106年(2017)擇日現址修建完成。早期福德祠，所在的位置稱：「福德巷」，原名『善後巷』，又稱：【善後祠】！
昨日福德祠委員會，依例聘請道壇作醮。時逢初一，附近信徒一一端出供品，實施普渡！吸引一堆人參與佈施，又是10元、5元、1元等錢幣，壽桃、餅乾、糖果…，還有熱情外籍友人，來湊熱鬧，頗為有趣！
廟方貼心的以小包裝的米，作為普渡供品的回禮！
▲道長戴上頭帽，如同地藏王菩薩坐鎮賜福。（楊石明攝）
▲外籍友人端起手機紀錄作醮佈施場景。（楊石明攝）
▲賜福的錢幣、佛手、壽桃、餅乾糖果佈施，引起騷動。（楊石明攝）
▲福德正神壽誕龍抬頭信眾祈福。（楊石明攝）
▲外籍友人也參與佈施行列。（楊石明攝）