配合此一法規施行，交通部及交通部航港局分別發布於同日施行「商港區域特定範圍內遙控無人機飛航活動申請及管理辦法」及公告「商港區域特定範圍」。航港局進一步說明，新規定施行後，商港區域特定範圍僅限政府機關（構）、學校或法人得申請遙控無人機飛航活動，並應於飛航活動7日前，檢具相關申請文件，國際商港、布袋港及澎湖港向臺灣港務公司提出申請，經上開單位審查許可後始得從事飛航活動。
從事飛航活動時，並應遵守相關操作規定及限制，如操作人應受酒精、精神作用物質限制，不得有危害任何生命及財產之行為；於操作無人機時，禁止競速、投擲或噴灑物件，並應保持避讓警覺及遠離阻擋視線物體30公尺以上，確保不影響港區現場作業安全。
航港局提醒，於商港區域內從事遙控無人機飛航活動，除應依前開「商港法」及「商港區域特定範圍內遙控無人機飛航活動申請及管理辦法」規定辦理外，並應遵守「民用航空法」及「遙控無人機管理規則」，避免因違反相關規定而受罰。
▲商港區域無人機飛航活動使用管理說明。