環保局透過海洋污染防治、環境監測及應變管理等相關工作，並結合海洋保育理念，從污染預防、環境監測到教育宣導多面向著手，全面守護澎湖海域環境品質，兼顧生態保護與民眾使用需求，落實海洋永續發展目標。
在海洋環境監測方面，環保局持續辦理澎湖各類海域水質及港口底泥調查，結果顯示一般海域、港口水域及近海觀光休憩海灘之水質與重金屬項目均符合環境品質與人體健康保護標準，整體環境狀況良好，有助於掌握污染趨勢並降低環境風險。
環保局亦持續加強海洋污染事件應變與環境教育工作，每年定期辦理海洋污染應變兵棋推演及實兵演練，搭配教育訓練與宣導活動，提升公部門、相關從業人員與民眾對海洋污染防治及環境保護觀念的重視；同時結合海岸環境敏感區域調查，強化對重要生態環境特性的認識與風險掌握。
未來，環保局持續結合相關單位與在地力量，以海洋保育為核心，深化維護海洋環境作為，並持續強化海洋環境管理相關工作，降低污染對海洋生態的影響，推動人與海洋和諧共存，為澎湖海域的永續發展共同努力。