一、第一階段：會勘作業
土地所有權人應先至地政事務所申請鑑界，並檢附該筆土地之鑑界成果圖、身分證正反面影本、土地登記謄本及地籍圖謄本等文件，向本府申請會勘。經審查確認無不符《澎湖縣非都市土地一般農業區農牧用地或養殖用地興建住宅計畫暨變更編定審查作業要點》第5點規定不得申請變更編定之情形後，本府將函覆申請人。申請人並應依前開作業要點第3點規定，於六個月內檢附相關書件向本府提出用地變更申請；倘逾期未提送者，須重新申請會勘。
二、第二階段：用地變更及申請人資格審查
申請人依上開審查作業要點第4點規定檢送各項書件後，本府將進行申請人資格審查，確認其是否符合審查作業要點第6點規定。同時，案件將分送建設處、工務處、旅遊處、農漁局及環保局等單位，就相關書件圖說進行審查，以確保計畫內容符合法令及使用規範。俟各單位審查無意見後，本府將提送「非都市土地使用編定審議小組會議」審議。經審查通過後，由本府核發核准函，至此，農變建案件始屬審查完成。
澎湖縣政府財政處提醒，農變建會勘通過並不等同通過農變建審查，申請人應依程序備齊相關文件，並留意各階段期限，以免影響申請進度。本府亦將持續秉持公開、透明及依法行政原則，協助民眾順利完成農變建程序，兼顧地方發展與環境保護之平衡。