本要點自93年9月2日首次發布以來，已歷經多次調整，最近一次於110年7月23日修正第二點，並刪除第四點第四款及五之一點；此次修正係為回應本縣實務需求，並參酌「非都市土地一般農業區農牧用地或養殖用地興建住宅計畫暨變更編定審查作業要點」之精神，完善審查基準與程序。
爰為防杜以信託規避審查，明確配合《信託法》及《民法》第12條修正之相關規定；提升建築耐候與居住品質，考量澎湖海島環境與氣候易致結構鏽蝕、腐蝕，明確調整「不得作為農變建（農牧用地變更興建住宅）之臨時性建築態樣」之範圍與認定；對於涉及權利義務之案件，增列「法院確定判決」可作為審查認定依據，以提升裁量客觀性與可執行性，以確保法源一致與可操作性及明確「拆除重建」之程序節點新增規範等等。
此次修正聚焦於「防杜規避、品質提升、法源明確、程序完備」四大方向，兼顧民眾居住權益與土地使用之公共利益，建立更清楚、可預期、可執行的審查基準。