澎湖縣馬公高中青棒隊，曾在2000年參與第五屆金龍旗高中棒球錦標賽、2005年參與九十四學年度高中棒球聯賽（木棒組）等盃賽，但因招收球員不易，球隊也並未持續下去。後在前任校長薛東埠、現任校長黃肇國支持下，加上學生有組隊意願，以及澎湖縣學生棒球工作小組裁判長吳國華協助、全球人壽捐贈學校所需的球衣及球具之下，於2016年6月30日重新成立棒球隊，首場盃賽就是第四屆黑豹旗全國高中棒球大賽，締造全台22縣市都有球隊參賽之紀錄。2025中信盃第13屆黑豹旗全國高中棒球大賽，石仲哲校長預祝馬公高中旗開得勝、全力以赴！
2025中信盃第13屆黑豹旗全國高中棒球大賽，馬公高中棒球隊於昨日下午1時在首場比賽中對戰對手—西松高中！首戰中以14：0擊敗西松高中。石仲哲校長表示，議長熱情贊助加菜金，鼓舞士氣，XGAMES潮流體育用品社贊助熱身衣，提升團隊形象，校長的大力支持帶隊老師與教練們的辛勞付出讓我們一起為馬高球員們加油吶喊，預祝馬公高中旗開得勝、全力以赴！
△馬公高中棒球隊（左）於在首場比賽中對戰對手—西松高中！首戰中以14：0擊敗西松高中。（嚴光澎攝）