近日縣府陸續接獲多起民眾陳情，內容涵蓋民宿旅客干擾社區生活、海上平台業者違規停泊、觀光行程破壞生態與潛水體驗安全等多項問題，近年來本縣旅宿快速成長，其中馬公西衛及澎南是本縣民宿最集中地區，時常接獲地方居民反映入住旅客發生深夜唱歌及喧嘩、隨地吐檳榔汁、亂丟垃圾、菸蒂等不當行為，嚴重影響居民生活品質。縣府於112年5月25日公布「澎湖縣民宿安寧維護及環境整潔管理事項」，呼籲本縣旅宿業應落實自主管理，並依民宿管理辦法第31條及第32條規定，加強宣導並約束住客切勿發生夜晚喧鬧與破壞環境整潔之行為；若大眾發現有違規情事，請即時通報警方、環保局或觀光單位依法處理。
此外，員貝海域近日也發生某海上平台業者違規停泊海域，未依縣府核准泊點停放，占用員貝漁港出入口，影響漁船進出安全，違反「澎湖縣海上平台管理自治條例」第10條第1項應停泊於縣府公告許可海域之規定，該業者更在員貝漁港碼頭處架設鐵鍊固定平台，除妨礙通行甚導致村民受傷，亦違反《漁港法》第19條第1項第7款未向主管機關申請核准「在漁港區域陸地上放置船舶或其他物料」行為之相關規定。縣府己函請限期改善，若屆期未改善且期間發生公安事故，業者除應負全責外，並依相關法規處分。
另有部分觀光行程亦引發環境與安全疑慮。據媒體報載有業者於潮間帶帶團收費活動，每人收費300至500元不等，並使用噴燈燒烤石蚵，嚴重破壞潮間帶生態環境。澎湖的潮間帶與海洋資源不僅是生態寶庫，更是在地文化與居民生活的根基，籲請旅遊業界切勿破壞，並應加強宣導同業共同珍惜愛護潮間帶環境資源。 同時，亦有遊客反映參與深潛體驗時，曾遇教練應對不當、安全標準不明等問題，質疑部分業者專業與緊急應變能力不足，恐造成更高風險。縣府強調，水域活動本具高風險，業者應嚴格遵守安全規範，加強潛導人員專業訓練，落實緊急處置機制，確保每位遊客的生命安全。